V období 2011-2022 bylo centrum ELI Beamlines financováno z několika finančních zdrojů (Evropská unie – OP VVV, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR a Akademie věd ČR.
Od roku 2023 je centrum ELI Beamlines financováno evropskou institucí The Extreme Light Infrastructure ERIC.
Členskými státy této instituce jsou: České republika, Maďarsko, Itálie a Litva.
Státy v roli pozorovatele: Německo a Bulharsko a od roku 2024 bude pozorovatelem i Rumunsko.
